Mamíferos
Muchos mamíferos de los bosques tropicales utilizan los árboles para refugiarse de los depredadores terrestres o aéreos. El tamarino león dorado, el mono aullador negro, el jaguar y el armadillo gigante son algunos de los mamíferos que habitan este tipo de hábitat en América del Sur y Central que están en peligro de extinción. Otro mamífero de América del Sur que se encuentra en esa misma situación es el manatí amazónico. En el sudeste de Asia, el orangután de Borneo, el oso negro asiático, el linsang manchado y el siamang corren la misma suerte. Además, también están amenazadas algunas especies de tigre de los bosques tropicales de la India y del sudeste asiático.
Aves
La deforestación de los bosques tropicales ha provocado el desplazamiento de las aves que dependen de los árboles para anidar y para la búsqueda de refugio y alimento. Los bosques tropicales del continente americano constituyen el hogar de algunas aves que se encuentran en peligro de extinción, como el deslumbrante quetzal, el elepaio (originario de Hawái) y el águila harpía. Las poblaciones de guacamayos, miembros de la familia del loro en el Nuevo Mundo, son de las más afectadas por la deforestación. Algunas de sus especies, como el Spix, el garganta azul, el Lear, la paraba frente roja, el jacinto y el gran guacamayo verde, están en situación crítica. El faisán de espolones de Palawan es un ave originaria de los bosques tropicales de las Filipinas. Aunque no se trata de una especie arbórea, también se ve afectada por la deforestación, ya que es en los árboles donde encuentra refugio.
Reptiles
Los reptiles de los bosques tropicales utilizan la sombra que proporcionan los árboles durante las estaciones calurosas de primavera y verano. Estos animales dependen de esta protección para poder enfriar sus cuerpos, ya no tienen la capacidad de regular su propia temperatura. Debido a la deforestación, algunos reptiles deben buscar otros terrenos donde hallar comida y refugio. Esto supone un sufrimiento para las especies en peligro, ya que es posible que en esos terrenos extraños no encuentren los recursos necesarios para su subsistencia. Los bosques tropicales son el hogar de algunos reptiles que se encuentran en riesgo de extinción, como, por ejemplo, el cocodrilo siamés, la tortuga tricarenada de Bangla-Desh y el dragón de Komodo. Las tortugas gigantes brasileñas, las tortugas caimán y los caimanes negros son algunas de las especies que habitan las zonas tropicales de América del Sur que se encuentran en la lista de especies amenazadas.
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